Ana no regresará jamás al colegio... El 4 de agosto de 1944, un auto se detiene frente a la empresa del canal Prinsengracht. Un grupo de hombres armados baja del coche y entra en el almacén. Alguien ha llamado a la policía y ha dicho: “Allí hay judíos escondidos”.
Bajo las órdenes del nazi austríaco Karl Josef Silberbauer, cuatro nazis holandeses irrumpen en las oficinas de la empresa. Los escondidos se hallan completamente sorprendidos. Les dan algo de tiempo para que preparen una maleta. Silberbauer toma un portafolio y lo vacía para poder llenarlo de dinero y alhajas. Los diarios y otros apuntes de Ana caen al suelo.
Horas después de la redada, Miep Gies y Bep Voskuijl se dirigen al escondite y encuentran los escritos de Ana. Miep los recoge y los guarda en un cajón del escritorio. Hasta hoy en día no se ha descubierto quién fue la persona que los delató.
“El 3 de septiembre sucedió lo que nos había tenido tan angustiados. Este viaje horroroso -tres días encerrados en vagones de ganado- era la última vez que estaba junto a mi familia. Hacemos todos un gran esfuerzo para no perder el ánimo y la esperanza”. (Otto Frank)
Cuatro días más tarde los llevan en tren a Westerbork, un campo de detención transitoria en la provincia de Drente, Holanda. Los escondidos son alojados en una barraca especial para prisioneros penalizados, ya que no se habían presentado voluntariamente para la deportación.
Regularmente parten trenes llenos de judíos hacía los campos en el este. Los prisioneros son encerrados en vagones de mercancía. En un solo vagón caben forzadamente unas 70 personas.
Después de cuatro semanas de su llegada, en el último tren de las deportaciones, también Ana y los demás escondidos abandonan Westerbork rumbo a Auschwitz. El 3 de septiembre de 1944 sale el tren con 1.019 personas, 498 hombres, 442 mujeres y 79 niños.