Desde la ocupación nazi en Holanda, los niños judíos tienen que ir a colegios exclusivamente para ellos. Ana debe abandonar su escuela Montessori y junto con Margot van al Liceo Judío. La ciudad está plagada de carteles que indican “Prohibido para judíos”. A los judíos ya no les está permitido poseer una empresa propia; por eso, Otto Frank nombra director de la suya a Johannes Kleiman, aunque Otto sigue colaborando en forma oculta. La empresa también cambia de nombre, y pasa a llamarse “Gies & Co.”, en alusión a Jan Gies, el marido de Miep.
El 12 de junio de 1942, a Ana le regalan un diario íntimo con motivo de cumplir sus 13 años en el que comienza a escribir enseguida. En la primera página leemos: «Espero poder confiártelo todo como aún no lo he podido hacer con nadie, y espero que seas para mí un gran apoyo.»
En todos los países ocupados, el registro de los judíos constituye una de las primeras medidas adoptadas por el ocupante alemán. El segundo paso es el aislamiento en ghettos o barrios cercados. La población judía en los Países Bajos antes de la ocupación era de más de 100.000 judíos. Las medidas dirigidas contra los judíos con intención de aislarlos de la población no judía son cada vez más numerosas y se suceden con mayor rapidez.
Este proceso tanto en Alemania como en la mayoría de las zonas ocupadas, se extiende hasta finales de 1941. Las medidas antijudías coinciden con el plan secreto de Hitler: eliminar a los 11 millones de judíos residentes en Europa. En extremo secreto, se realiza en una villa cerca de Berlín la “Conferencia del Wannsee” el 20 de enero de 1942, donde altos funcionarios alemanes se encargarán de la ejecución de un plan que lleve a la “solución definitiva del problema judío”: denominada la Solución Final. La intención es liquidar en su conjunto a los judíos europeos. Como resultado de la Conferencia, se iniciarán las deportaciones, de manera sistemática a los campos de concentración y de exterminio, instalados en gran medida en Polonia.
La mayoría de los judíos son asesinados inmediatamente después de su llegada y el resto es forzado a trabajar tan duro, que mueren de agotamiento.